در هوميوپاتي هيچ دارويي وارد فارماكوپه هوميوپاتي نمي شود مگر اينكه ابتدا گزارشات توكسيكولوژي مربوط به آن دارو بررسي شده و علاوه بر آن در شرايط امن بر روي افراد سالم آزمايش شود،‌اين اصل باعث مي شود كه تأثيرات فيزيولوژيك يك دارو بر فرد سالم در مورد هر دارو كاملاً شناخته شده باشد.
در حال حاضر در فارماكوپه هوميوپاتي بيش از 3000 دارو درج شده است كه حدود 80% آن ها از گياهان داروئي و 20% آن ها از مواد معدني و حيواني مشتق شده است. اين داروها معمولاً بصورت خام (مادي) به كار نمي روند ،‌بلكه رقيق شده و توانمند مي شوند. در اكثر موارد داروها با رقت¬هاي بسيار بالا تجويز مي شود ولي رقت هاي پائين و حتي عصاره اوليه دارو (محلول مادر) نيز در مواردي اندك كاربرد دارد.
ساموئل هانومن نيز ابتدا با داروهاي خام (رقيق نشده) بيماران را درمان مي كرد و سپس به تجربه دريافت كه رقيق كردن داروها مي تواند تأثير درماني قوي و همچنين حداقل عوارض را داشته باشد. در حال حاضر رايج ترين و موثرترين شيوه تهيه داروهاي هوميوپاتي روش سنتیمال (Centimal)
مي باشد كه در اين شيوه از رقت يك به صد استفاده مي شود. بدين صورت كه ابتدا ماده اوليه (گياه داروئي) را درون الكل 60% و يا آب مقطر مي ريزند و در طي دو هفته آن را از صافي عبور مي دهند، به ماده بدست آمده (محلول مادر) مي گويند. براي كم كردن و يا از بين بردن مواد سمي آن ، از محلول مادر cc1 برداشته و با cc 99 آب مقطر 2 بار تقطير شده مخلوط مي كنند كه با اين كار محلول 0/01 بدست مي آيد. مجدداً cc1 از اين محلول را با cc99 آب مقطر دو بار تقطير شده مخلوط كرده و اين بار محلول 0/001 بدست مي آيد ، بين هر مرحله رقيق سازي ، شيشه حاوي محلول را حدود 80 تا 100 بار تكان هاي شديد ضربه اي مي دهند. اين عمل در تهيه داروهاي هوميوپاتي از اهميت ويژه اي برخوردار است. اگر به رقيق كردن محلول تا 12 بار ادامه دهيم به محلول 10 به توان منفي 24 مي رسيم كه از عدد آووگادرو كوچك تر مي شود. كه بدين معناست كه ظرف مورد نظر حتي يك مولكول گرم از ماده اوليه يا گياه داروئي اوليه را ندارد.
اين عمل را تا 6 – 12 -30 – 200 – 1000 – 10000 – 50000 بار تكرار مي كنند. طرفداران هوميوپاتي بر اين باورند كه هر چه محلول رقيق تر مي شود خاصيت داروئي و درماني آن بيشتر و قوي تر مي شود. لذا اكثر داروهايي كه در هوميوپاتي بطور روتين براي اكثر بيماريها بكار گرفته
مي شود از نظر شيميائي فاقد هر گونه ماده مي باشد و كلاً 100% آن را آب مقطر تشكيل داده است. لذا بسیار ارزان بوده وهزینه داروها صرفا هزینه مواد  وظروف تهیه شده آنها میباشد.
داروهاي هوميوپاتي به علت خواص خاص خود كه صرفاً داراي اطلاعات سلولي گياه داروئي اوليه يا ماده اوليه مي باشد، ممكن است در شرايط خاصي بي اثر شوند مانند سرما و گرماي شديد – نور مستقيم آفتاب – ميدان مغناطيسي ووسايل برقي – تماس بدن (دستها) به داروهايي كه بصورت قرص تهيه مي شود كه قرص ها نيز صرفاً قند لاكتوز مي باشد و گاهاً بعضي هوميوپات ها قرص را به جاي محلول براي بيماران بكار مي گيرند. ولي محلول هوميوپاتي موثر تر است زیرا اطلاعات سلولی گیاه یا ماده اولیه در بستر محلول پخش بوده بطوریکه حتی یک قطره از محلول نیز دارای انرژی حیاتی یا شعور سلولی گیاه اولیه یا ماده اولیه است ولی ممکن است در یک شیشه  حاوی تعدادی از قرص های هومیوپاتی ،تعدادی از قرص ها فاقد اثر درمانی باشد. 
همانطور كه اشاره شد داروهاي هوميوپاتي هيچگونه عوارض جانبي ندارند و در فارماكوپه هوميوپاتي اثري از عوارض جانبي دارويي ديده نمي شود و همين امر باعث شده در بسياري از كشورها حتي برخي از داروهاي هوميوپاتي در سوپر ماركت ها و در دسترس مردم بوده و مي توانند بدون نسخه آنها را تهيه كنند و در اكثر كشورها پزشكان هوميوپات ، خود دارو را به بيمار مي دهند كه اين امر در كيفيت درمان بسيار مهم است. داروهاي هوميوپاتي بطور مستقيم روي انرژي حياتي كه كنترل كننده تمام فعاليت هاي ذهني – احساسي و جسمي است ،‌اثر مي گذارند و با تصحيح و هم پوشاني انرژي حياتي منجر به از بين رفتن كلية نشانه هاي بيماري مي شود – درهر حال تأثير عميق داروهاي هوميوپاتي در درمان انواع بيمارهاي حاد و مزمن كاملاً طي مطالعات آماري متعدد و تجارب كلينيكي ثابت شده است و روشن است كه هيچ ارتباطي با تلقين ندارد. جالب است كه علاوه بر بيماري هاي نوزادان ، امروزه داروهاي هوميوپاتي حتي دردامپزشكي و كشاورزي مورد استفاده قرار مي گيرد.
ازآنجاييكه 80% داروهاي هوميوپاتي از گياهان داروئي مشتق شده است،با توجه به تعریف صریح از گیاهان دارویی در سند ملی گیاهان دارویی وطب سنتی و به استناد سند توسعه طب سنتی ایرانی اسلامی وسابقه فعالیت عطاری ها از زمان هخامنشی ها،ساسانی ها و ورود اسلام به ایران خصوصا در سه قرن گذشته در خصوص تهیه وفروش گیاهان دارویی،نه تنها در طول 20سال از احیاء طب هومیوپاتی در ایران،اکثر داروهای این طب از طریق عطاری های حاذق در اختیاربیماران قرار میگرفته،بلکه در سند ملی گیاهان دارویی وطب سنتی کلیه داروهای هومیوپاتی را در گروه فراورده های طبیعی قرار داده وچون اکثر داروهای هومیوپاتی تجویزی پزشکان به بیماران بالای رقتهای 12 میباشد که در حالت محلولی صرفا آب مقطر ودر حالت قرص صرفا شیر خشک بوده وفاقد هر گونه ماده اولیه و عوارض جانبی است، حتی خود پزشکان آنها را در اختیار بیماران خود قرار میدهند. از طرفی بر اساس سند توسعه طب سنتي ايراني اسلامي نه تنها خبرگان بدون مدارک دانشگاهی با کسب مجوزهای لازم خواهند توانست به فروش داروهای هومیوپاتی ادامه دهند،بلکه به استناد ریاست محترم سازمان غذا و داروی وزارت بهداشت درمان وآموزش پزشکی و رئيس اداره داروهاي گياهي وزارت بهداشت ، آيين نامة تأسيس داروخانه هاي طبيعي و سنتي تدوين شده كه در آينده ابلاغ خواهد شد و حتي به صراحت ذكر شده كه بعضي ازعطاري هايي كه شرايط لازم را دشته باشند به آنها مجوز تأسيس داروخانه هاي گياهي مي دهند.
بر اساس سند توسعه طب سنتی  و آیین نامه اجرایی طب مکمل که هنوز عملیاتی واجرایی نشده است،همکاران محترم داروساز پس از صدور مجوزهای مربوطه از سوی وزارت محترم بهداشت،درمان وآموزش پزشکی و مراکز ذیصلاح،پس از واردات داروهای هومیوپاتی واصول وضوابط قیمتگذاری پس از گذراندن دوره های آموزشی توسط کمیته تخصصی فام(فرهنگ،آداب ومیراث پزشکی)میتوانند اقدام به فروش داروهای هومیوپاتی کنند وعلی رغم اینکه در کمیته سیاستگذاری ورود وتوزیع داروهای هومیوپاتی که در تابستان سال1383 در وزارت محترم بهداشت،درمان وآموزش پزشکی تشکیل شد،مقرر شده شرکتهای داروسازی میتوانند مانند سایر داروهای پزشکی پس از اخذ مجوزهای لازم از وزارت متبوع داروهای هومیوپاتی را وارد کنند،ولی تا به امروز نه تنها هیچ شرکتی در این خصوص اقدامی نکرده،بلکه هیچ دوره آموزشی توسط کمیته تخصصی فام برگذار نشده وهیچ داروسازی نیز  مجاز به فروش داروهای هومیوپاتی در داروخانه ها نیست. وحتی به استناد معاونت محترم طب سنتی وزارت بهداشت،فروش داروهای ترکیبی گیاهی نیز در داروخانه ها مجاز نیست واگر آیین نامه اجرایی طب مکمل به اجرا گذاشته شود ودوره های آموزشی کمیته تخصصی فام برگذارشود و شرکتهای دارویی مجوزهای لازم را برای واردات داروهای هومیوپاتی دریافت کنند وشرایط و اصول قیمتگذاری آنها نیز از مراکز ذیصلاح صورت  گیرد، در آینده این داروها در داروخانه ها نیز در اختیار بیماران قرار خواهد گرفت.